21 letni wychowanek Atlético zadebiutował w pierwszej drużynie 8 marca 2012 roku w wieku 17 lat i 108 dni wchodząc na ostatnie 6 minut w meczu Ligi Europy przeciwko Beşiktaşowi. 21 kwietnia 2013 roku zadebiutował w La Liga w meczu z Sevillą. 21 lipca 2013 roku udał się na roczne wypożyczenie do Rayo Vallecano.
Saúl Ñíguez stopniowo budował swoją pozycje w klubie. Do tej pory strzelił 14 goli i zdobył 2 tytuły z drużyną z Vicente Calderón.
